Als Belohnung für die permanente Treue zu den Staufern darf
man wohl die Ehe verstehen, die Herzog Otto VII., Sohn und Erbe Bertholds IV.,
mit Beatrix, einer Nichte König Philipps und Erbin der Freigrafschaft Burgund,
1208 in Bamberg eingehen durfte.
Unmittelbar nach der Vermählung kam es aber zu einem
verhängnisvollen Ereignis. Pfalzgraf Otto von Wittelsbach verschaffte sich
Zugang zu den Räumen des Königs und ermordete ihn. Sein Motiv war dabei wohl
persönlicher Natur, der König hatte die Verlobung Ottos mit einer seiner
Töchter wieder gelöst. Bei der Tat soll auch der andechsische Markgraf von
Istrien, Heinrich IV., anwesend gewesen sein. Es nimmt nicht wunder, dass Markgraf Heinrich wie auch Bischof Ekbert der Mittäterschaft verdächtigt
wurden. Der alte Rivale Philipps, der Welfe Otto, nutzte die Gunst der Stunde,
ließ sich noch im November 1208 zum König wählen und verhängte die Reichsacht über die beiden vermeintlichen
Helfer beim Königsmord. Die Andechser entzogen sich dem Zugriff des neuen
Königs, indem sie zu ihrem Schwager, dem König von Ungarn, flohen. Das
Geschehen bedrohte die Stellung der Familie aufs Schwerste, nicht nur, dass sie
in Franken zeitweise stark an Einfluss verloren, ihr wurde auch der gesamte
Besitz in Altbayern entzogen und an Herzog Ludwig von Bayern aus dem Hause
Wittelsbach übergeben.
Ekbert forderte vom Papst sofort ein Verfahren zu seiner
Rehabilitierung und Wiedereinsetzung in sein Bistum, doch der Prozess verschleppte sich. Erst als der neue König Otto IV. begann, in den Bahnen
staufischer Politik Ansprüche auf Unteritalien zu erheben, entschloss sich der
Papst, wieder die staufische Partei um Friedrich II. zu unterstützen. Dieser
Kurswechsel verhalf auch Ekbert zu seiner alten Machtstellung; 1211 wurde er
wieder in seine Rechte eingesetzt, auch Markgraf Heinrich erhielt seine Güter
in der Steiermark und der Krain zurück.
Herzog Otto VII., das Haupt des Hauses Andechs, hatte sich
während der ganzen Auseinandersetzung sehr zurückgehalten, wohl um nicht die
Machtstellung seiner Familie vollends zu gefährden. Zögernd suchte er 1209
eine Annäherung an König Otto IV., doch hielt er sich während des
eigentlichen Thronstreits weitgehend neutral. Erst als Friedrich II. 1212 in
Mainz gekrönt wurde, bezog Herzog Otto eindeutig Stellung für die Staufer und
beteiligte sich 1214/15 am Feldzug zur Niederwerfung der welfischen
Parteigänger im Reich. Bis um 1230 gelang es auch, die in Altbayern und am Inn
verlorenen Gebiete wieder in den Besitz der Familie zu bekommen.